A Lagoa da Albufeira encontra-se num sistema dunar, no seguimento da arriba fóssil da Costa da Caparica. A lagoa tem uma área aproximada de 155 ha, apresentando uma forma alongada e sendo constituída por duas áreas lagunares denominadas por Lagoa Grande e Lagoa Pequena. Ambas estão ligadas por um canal estreito e sinuoso, designado por Bico dos Corvos.
A Lagoa Grande está separada do mar por uma barreira arenosa. No equinócio da Primavera é, em geral, aberta artificialmente uma barra única. No Inverno, durante temporais fortes, a barra pode abrir naturalmente. Nas zonas do litoral existe uma área de dunas. As margens da lagoa têm declives relativamente suaves, mais acentuados na zona norte. Uma boa parte do espelho de água da lagoa está livre de vegetação.
A montante da lagoa encontra-se uma zona palustre formada por uma mancha relativamente extensa de caniçal, designada por Lagoa da Estacada. Actualmente esta zona está separada da Lagoa Pequena por um dique e é alimentada essencialmente pela ribeira da Apostiça. Junto ao dique desenvolve-se uma mancha de salgueiros e alguns choupos.
A rodear praticamente toda a lagoa encontra-se um vasto pinhal, onde se destacam o Pinheiro-manso (Pinus pinea), o Pinheiro-bravo (Pinus pinaster) e alguns Eucaliptos (Eucalyptus globulus) e Sobreiros (Quercus suber). Por vezes existe algum estrato arbustivo. Os terrenos agrícolas surgem normalmente nos terrenos de vale de cheia das ribeiras que desaguam na lagoa: ribeira de Aiana, Ferraria e Apostiça.