A área de intervenção do Plano de Gestão da Lagoa Pequena (66,8 ha), encontra-se sob gestão do Instituto da Conservação da Natureza e da Biodiversidade (ICNB), compreendendo a Lagoa Pequena e o terreno alagadiço a montante, denominado Lagoa da Estacada.
Este território é, no contexto da Lagoa de Albufeira, considerado como o espaço singular mais relevante e o mais sensível em termos ecológicos. Esta zona é uma das cinco mais importantes da sua região europeia para um número significativo de espécies constantes do Anexo I da Directiva Aves, conferindo-lhe deste modo uma relevância especial na rede europeia de zonas húmidas.
A Lagoa da Albufeira está classificada como Zona de Protecção Especial (Directiva Aves 79/409/CEE e Decreto-Lei n.º 384-B/99, de 23 de Setembro) e como Sítio (Fernão Ferro/Lagoa de Albufeira) incluído na Lista Nacional de Sítios – Rede Natura 2000 (Directiva Habitats 92/43/CEE e Resolução do Conselho de Ministros n.º 76/00, de 5 de Julho). A Lagoa Pequena é ainda classificada como zona húmida de importância internacional incluída na Lista da Convenção de Ramsar (Decreto-Lei n.º 101/80, de 9 de Outubro).
No âmbito do projecto MedWet SUDOE,co-financiado pelo programa INTERREG III B Sudoeste Europeu 2000-2006, o então Instituto da Conservação da Natureza (ICN) e a Sociedade Portuguesa para o Estudo das Aves (SPEA) estabeleceram um protocolo para a elaboração do Plano de Gestão, incluindo neste a preparação de reuniões com os agentes locais.
Neste sentido, e prosseguindo o papel desempenhado pelo ICNB, procedeu-se à identificação de parcerias com várias entidades: Câmara Municipal de Sesimbra, Sociedade Portuguesa para o e Estudo das Aves, Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais e Associação de Produtores Florestais, entidades que promoveram e cooperaram na realização deste Plano de Gestão.
Caberá ainda referir o papel participativo dos responsáveis das Herdades da Ferraria e da Apostiça na realização deste trabalho. O pressuposto e missão de base deste Plano de Gestão, radicou na criação de um espaço que permita aos visitantes da área, o conhecimento, o respeito e a aprendizagem do funcionamento biológico e físico, procurando que toda a comunidade retire benefícios deste espaço natural.